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尽管他放弃了找出一个统一理论的努力，他还是没有回到以前的传统二元论调上，即意识是一种与肉体分开、也各不相同的物质。他经常使用Seele这个词，在正式出版的作品中，他把这个词翻译成了“灵魂”，可是，这个词在德语中有很多意思，心理分析家布伦诺·贝特尔海姆曾很有说服力地说，弗洛伊德的意思实际上是指“精神”，即一个人的精神和感情方面，或者简单地说，思维和情感的整体作用。弗洛伊德一辈子都坚信，思维的任何哪一方面都不可能与大脑分开而独立存在，而且，其神经元中的生理过程是思想现象的材料。同样，作为一个科学家，他是一个彻底的决定论者，他相信，每种精神活动都有其根源，自由意志只不过是个错觉。
弗洛伊德放弃了在生理学基础上建立一种有关精神活动的理论的努力，这之后，他取得了长足的进步。在仅仅5年时间内（1895－1900），他发明了一种新的心理疗法，并形成了若干有关人类心理学的革命性理论。在后来的许多年里，他会对这些理论进行扩充、修正和增补，但是，假若他1900以后什么也没有做，对心理学也会带来一个新的景象。他有关意识的理论散见于他在这个时期写的各种文章里，其主要内容如下：
动力无意识：弗洛伊德之前的心理学家们所进行的几乎所有的研究和理论归纳，都是解决意识精神过程的，比如感知、记忆、判断和学习。弗洛伊德对心理学和西方文化所做的贡献在于，他提出了一套有关无意识及其对人类行为的关键作用的理论。欧内斯特·琼斯说，一般认为，这是他对科学所作出的最大贡献。
确切地说，弗洛伊德并没有像人们经常所说的那样发现了无意识。两个世纪以来，思想家们一直都在考虑这个问题——从理性主义者莱布尼兹，到19世纪的催眠大师们，从浪漫主义运动中的诗人和哲学家到亥姆霍兹，到沃兹堡学派的成员们和威廉·詹姆斯。不过，话说回来，这些人都只是把无意识看作是一个存储器，一个存放经验和信息的仓库，等待着被人调用。弗洛伊德经常把这个相对蛰伏但又很容易进入的精神生活区域叫做“潜意识”，并认为它与无意识有很大的不同。
可是，在弗洛伊德的前辈和同时代人，特别是催眠大师们的作品当中，已经有很多的线索，说是无意识在人的精神生活当中起一种积极的作用。还有些人甚至把“动力学”这个词运用到上面了。弗洛伊德采纳了这些思想，并以他的临床经验和自我分析为基础，把它们变成了另外一种形式。
他认为，意识有三种功能层次：有意识、潜意识和无意识。最后一种是最大也最有影响的一部分。它远非一种处于不活跃状态的材料仓库，而且一个极活跃的区域，而且是非常有力的原始驱动力及被禁止的欲求，它们会对有意识的思维不断造成压力，其形式是掩蔽的或者变形的，因而也促成和决定了我们很大一部分的行为。
这一点，在弗洛伊德的临床工作当中已经是很清楚明白的了。他的精神病人在接受分析之前的思维和行为，都是受他们自己一点也不了解，因而也无法掌握的一些力量所控制的。心理分析的目的，乃是要给病人的“自我”、“自行决断的自由”。这并不是说要有自由意志，而是要了解自己的无意识动机，并使自己处在一个可以由有意识的思想作出选择决断的状态里。
弗洛伊德慢慢相信，对精神病人适用的东西，对正常人也同样适用。然而，后来的发展却是这样的一种方式，即，他们不可为人接受的欲望，藏在清醒头脑之外的那些东西，都转变成了可为人接受的行动方式。因此一来，健康的行为，如同病态的行为一样，都在很大程度上由无意识的力量来促发和引导。
原初过程及二级过程：
在弗洛伊德的观点来看，无意识思维不仅仅只是我们用来羁押思维当中原初和不成熟部分的不可忍受的思想和欲望的地方。他把发生在这里面的精神过程叫做“原初过程”，它们是要通过行为，或者，在这些行为因为现实世界的力量而受阻的时候，通过像儿童时期的引诱概念或者梦想这类幻想来打破禁忌，实现愿望。无意识的内容虽然不是来自现实世界，却是促使我们行动的精神现实。
在我们成长的时候，我们得知，不能按那些不受控制的原初过程的催促来行动。我们得知哪些是在现实世界里可以被接受，可以成功实现的，哪些不能。有意识的思维操作的方式，是按照“二级过程”来进行的，即我们构想并实现一些满足可以为社会所接受的一些欲求的办法时所需要的那些思想、认知和解决问题的精神活动。
快乐原则：
许多哲学家和心理学家早已发现，人类行为在很大程度上都是趋乐避苦所致。弗洛伊德把这种理论归入他的无意识理论里去，但改变了其重心。他说，整个精神机关的基本促进动力，来自没有得到满足的愿望或者没有得到平息的激动——一个释放由此而产生的未满足感（不快）的愿望，从而消解紧张，得到快乐。在早期，弗洛伊德把它叫做“不快乐原则”，可后来重新命名为“快乐原则”，这个标签后来成为心理学词汇的一部分。
“快乐和不快乐原则在弗洛伊德的心理学中是最基本的概念，”琼斯说。“它自动调节精神贯注的过程。”“精神贯注”在弗洛伊德的写作当中是一个非常重要的术语，这个词是标准版的译者詹姆斯·斯特雷奇根据弗格伊德所用的Besetzung这个德语词改制的，原来的意思是“全神贯注”或者“充满”，弗洛伊德用这个词表示“精神能量的装载”，或者，按后来的说法，是“情感投入”。
饥饿是一个典型的愿望。当原初思想（想象食物，梦见食物）不能达成画饼充饥的效果时，二级过程思维便会接过驱除苦痛的任务，会神贯注或者精神能量会被转移到现实世界的活动上去，如购买食物，烧制食品等，这些活动过一阵子就能排除饥饿感，并带来轻松快乐。因此，原初过程是按快乐原则来行事的，而二级过程是按现实原则行事的。可是，如弗洛伊德后来所补充的那样：
用现实原则来替代快乐原则，并不意味着可以去掉快乐原则，而是它的防护。一种暂时的快乐，由于其结果是不确定的（也就是说，愿望的那些结果），会被放弃掉，可只是为了便于顺着这个新的路径在稍后一点的时间里获取确定的快乐。
性欲：俄狄浦斯情结：
尽管弗洛伊德有关性欲的一些思想直到1900年以后才初具成熟的形式，或者在他的系统里才开始显示出重要性，可是，我们知道，早在这之前，他就已经慢慢地相信，性欲驱动力是最威猛的力量之一，它甚至在儿童时代就已经存在了，而且在正常人格和精神病人格的形成过程当中都起很大的作用。
他认为，这个驱动力最重要的一个方面是，在儿童时期，它通常因为原初过程而导向异性的父母。众所周知，弗洛伊德把这些驱动力叫做俄狄浦斯，因为在希腊神话中，这个人在不知情的情况下误杀了亲父并娶了生身母亲。在小男孩中，这种导向母亲的性驱动力伴随着对父亲这个情敌的仇视，还有甩掉他的恶劣愿望。可是，通过现实的二级过程思想，这个孩子认识到，他的父亲远较他为强，在彼此的争斗中父亲必赢无疑，而且，俄狄浦斯式的愿望包含了很严重的危险。结果，这种愿望与恐惧之间的冲突导致了不可忍受的焦虑。弗洛伊德直到1910年才把这个东西叫做“俄狄浦斯情结”，可在90年代末期给弗里士的一些信件当中，他已经开始把这个类比引向俄狄浦斯神话了，在1900的《释梦》中，他已经以简单的形式公开论及这个理论了。他认为俄狄浦斯情结是人类经验中不可避免的一部分：“把最初的性冲动导向我们的母亲，并把最初的仇恨和我们最开始的谋杀愿望导向我们的父亲，这也许”——他后来把“也许”砍掉了——“就是我们所有人的命运。我们的梦告诉我们，事情就是这样的。”后来，他又形成了有关女孩子当中一些不同但类似现象的理论。
抑制：
为了排遣俄狄浦斯情结造成的焦虑。孩子只好抑制自己的俄狄浦斯愿望，把它们藏在无意识里。抑制是思维最重要和最紧要的机制，是精神自我防范的基本方式，以避免由于原初愿望和会在现实世界里受到伤害的担心而产生的焦虑引起的冲突。琼斯说：“它可能很确定地被认为是弗洛伊德最为重要和富于创造性的贡献。”
在接下来的一些年里，弗络伊德会把俄狄浦斯情结及其通过抑制来解决问题的理论扩展开，使其成为儿童成长理论中的核心。
衡定原则：
虽然弗洛伊德不再用生理学术语来解释心理过程，可是，他仍然相信，亥姆霍兹的能量守衡原则——任何一个封闭系统中的能量总和为常数——可以应用到精神现象当中去。如他和布罗伊尔在《癔病的研究》中所说的：“在这样一个有机体内，存在一个使脑内激发保持为常数的倾向。”当一些事件引发过多的激发时，比如发生了某件使我们很生气的事情时，我们倾向于以一种或者另一种方式来消解这种愤怒，以保持我们正常的激发平衡。我们如何做到这一点，就是由二级过程思维所管束——或者有时候是突破它——的原初过程思想发生作用的结果。
